Một yếu tố thành công của cơ quan điều tra chính là chọn đúng tội danh chắc chắn nhất để tiến hành khởi tố. Các tài liệu chứng cứ xác minh ông Kiên phạm tội kinh doanh trái phép do cơ quan điều tra thu thập được đã thuyết phục được đại diện của 3 ngành tư pháp trung ương trong cuộc họp chiều 20/8/2012.
Ông Kiên làm việc với điều tra viên trong trại giam.
Được sự nhất trí cao của 3 ngành, khoảng 17h cùng ngày, thiếu tướng Nguyễn Đức Thịnh ký quyết định khởi tố bị can, bắt Nguyễn Đức Kiên về tội Kinh doanh trái phép. Ngay sau đó VKSND Tối cao đã phê chuẩn. Lúc này, các lực lượng tham gia bắt giữ đã tập trung đầy đủ. Gần 60 cán bộ của Cục C46 và lực lượng cảnh sát cơ động của Bộ Công an chia làm 3 tổ nhận lệnh làm nhiệm vụ đặc biệt.
Thời điểm bắt giữ được ấn định vào khoảng 18h30 tại Ngân hàng ACB. Ban chuyên án chọn lúc này bởi khi đó các cán bộ, nhân viên của ngân hàng đã về hết. Việc bắt giữ sẽ nhanh gọn hiệu quả, không gây hoang mang dư luận.
18h, đúng theo nhận định, ông Kiên về trụ sở của ngân hàng ACB, bệ vệ vào thang máy lên phòng làm việc trên tầng 3. Đúng giờ G, lệnh bắt được ban chuyên án phát đi. Cục trưởng C46 Nguyễn Đức Thịnh trực tiếp có mặt tại chỗ chỉ huy.
Tuy nhiên, bất ngờ xảy ra là khi các trinh sát chạy lên phòng làm việc của Kiên trên tầng 3 thì không thấy ông ta đâu cả. Theo lệnh của tướng Thịnh, tất cả lực lượng truy bắt khẩn trương di chuyển lên các tầng, kiểm tra từng phòng làm việc có cửa mở. Trên tầng 4 đèn tắt tối om, các trinh sát phát hiện bầu Kiên đang nép vào một góc sau khi biết bị công an vây bắt.
Khi bị dẫn giải xuống tầng 1 để làm thủ tục bắt giữ, đi qua người chỉ huy cao nhất của lực lượng công an ở đây (tướng Thịnh mặc thường phục), ông Kiên không biết nên hỏi: "Anh ở C nào? C nào bắt tôi đây?".
Ông Kiên từng tâm sự với các điều tra viên, bây giờ vào trại dù vẫn phải thường xuyên làm việc với cơ quan điều tra nhưng dẫu sao không phải đối phó với thương trường, không phải lo bịt chỗ này, giăng kín chỗ kia để che chắn cơ quan pháp luật. Hàng ngày dậy sớm tập thể dục, chiều lại tập, đều đặn như vậy bất kể ngày nóng hay lạnh. Ông gầy đi thấy rõ, bụng không to như trước.
Ông Kiên bị huyết áp cao và tiểu đường. Vào trại giam, cuộc sống đơn giản nhưng có nề nếp, thể dục đều đặn, kết hợp với uống thuốc nên các căn bệnh vẫn hành hạ ông ta giờ lui dần. Hàng tháng, các điều tra viên phối hợp với cán bộ của trại giam kiểm tra sức khỏe định kỳ cho ông Kiên. Kết quả ngày càng tốt, các chỉ số về huyết áp và tiểu đường đều ổn định.
Đang trong thời gian tạm giam đảm bảo nghiệp vụ công tác nên ông Kiên không được tiếp xúc với gia đình. Vì thế để đủ các đồ dùng thuốc men có lúc các điều tra viên, cán bộ trại giam phải chia sẻ. Trong một lần cán bộ điều tra vào lấy lời khai, ông Kiên đã xin một tờ giấy trắng để viết thư cảm ơn với nội dung: "Tôi được cơ quan Cảnh sát điều tra cho biết lãnh đạo Bộ Công an quan tâm và chỉ đạo cơ quan y tế kiểm tra tình hình sức khỏe của tôi. Tôi rất cảm ơn ông đã quan tâm, hiện nay sức khỏe của tôi bình thường, huyết áp và tiểu đường đã ổn định hơn trước. Tôi được y tế trại thăm khám và cấp thuốc để trị bệnh. Một lần nữa tôi cảm ơn sự quan tâm của ông và mong ông trực tiếp xem xét trường hợp của tôi".
Các điều tra viên kể rằng, trong các buổi hỏi cung, bị can Kiên lịch sự và nhã nhặn trong việc trả lời các câu hỏi. Khi điều tra viên đưa ra chứng cứ và lập luận về từng hành vi sai phạm của bầu Kiên và đồng bọn, ông ta đều thừa nhận. Thế nhưng đến khi ghép các hành vi đó vào tội danh theo đúng điều luật của Bộ Luật Hình sự thì ông ta nói rằng chỉ sai hành vi chứ không phải phạm tội.
Một lãnh đạo Cục Cảnh sát kinh tế cho rằng cũng nên cảm thông bởi đó là tâm lý bình thường của bị can. Ông Kiên có thể thông thuộc các mánh lới về làm ăn kinh tế nhưng nhận thức pháp luật thì không phải ai cũng rõ cả. Vấn đề của cơ quan điều tra chính là củng cố tài liệu, chứng cứ để chứng minh hành vi phạm tội của Kiên và đồng bọn.
Theo tướng Thịnh, vụ bắt giữ bầu Kiên có ý nghĩa rất quan trọng với vấn đề an ninh tài chính - ngân hàng của đất nước. Cơ quan điều tra đã trả lời được với công luận: Không có vùng cấm cho tội phạm, dù bất cứ ở lĩnh vực nào. Mặt khác qua vụ án đã góp phần quan trọng buộc các ngân hàng thương mại cổ phần hoạt động theo đúng quy định pháp luật, đặc biệt hoạt động về phát hành cổ phiếu tiền ảo; sở hữu chéo; thâu tóm ngân hàng; vượt trần lãi suất. dịch vụ quảng cáo.
